A公司和B公司均是自然人甲的子公司，其中，甲持有A公司65%的股权，持有B公司100%股权。在2011年的时候，A公司和B公司分别通过股东会决议，决定由A公司吸收合并B公司，并签署了相应的《吸收合并协议》。在完成吸收合并后，B公司注销，A公司承继B公司相关资产、负债，甲公司最终持有A公司90.59%股权。

在这次吸收合并中，A公司和甲均认为本次吸收合并满足适用特殊性税务处理条件，因而没有缴纳企业所得税和个人所得税。

2020年8月21日，因筹划上市，A公司与当地税务局就上述吸收合并进行了沟通。A公司认为，A公司吸收合并B公司满足特殊性税务处理的适用条件，但A公司未及时向主管税务机关提交书面备案资料。A公司经审慎考虑，认为未经主管税务机关备案而直接选择对本次吸收合并进行特殊性税务处理并无依据，主动向税务主管部门补充申报，并按照税务主管部门以一般性税务处理核定的税款补缴企业所得税。

首先，我们先简单介绍一下，在吸收合并的案件中，适用特殊性税务处理有什么好处。

在一般企业合并事项中，合并方需要按照被合并企业各项资产、负债的公允价值作为计税依据，被合并企业需要进行所得税清算。换句话说，被合并企业各项资产、负债公允价值大于账面价值的话，被合并企业在这次合并中存在收入，相应的要计入所得税计税依据，进行纳税申报。而如果被合并企业本身有亏损的，这些亏损也不能带到合并方进行结转。

但是，如果企业合并能够适用特殊性税务处理，那么合并方暂时按照被合并方各项资产、负债的账面价值作为计税基础，被合并企业就暂时不需要为资产、负债的公允价值与账面价值的差额确认的收入承担企业所得税，被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定。另外，如果被合并企业本身存在亏损，在一定限额内合并方是可以结转过来使用的。限额的计算公式是：被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。

总结来说，在企业合并事项中，适用特殊性税务处理，主要有2个好处：一是被合并企业及股东可以递延确认所得税，二是合并企业可以在限额范围内适用被合并企业的亏损。

那么，在我们前面提到的案例中，A公司吸收合并B公司是否满足特殊性税务处理条件？

企业合并想要适用特殊性税务处理，需要满足5个条件：

（1）具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。

（2）企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，或者属于同一控制下且不需要支付对价的企业合并。

（3）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。

（4）重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例。

（5）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。

在本案中，A公司基于整合资源、便于管理的目的，对B公司实施吸收合并。A公司通过增资扩股，增加甲拥有的出资额作为交易支付总额，没有额外向甲作现金支付，股权支付占交易支付总额的比例达到100％。交易完成后12个月内，B公司原从事的主要业务由A公司承继，未发生改变，甲亦没有转让其因吸收合并取得的A公司股权。因此，本案符合吸收合并适用特殊性税务处理的实质条件。

在企业合并满足适用特殊性税务处理的基本条件后，企业是否需要就适用特殊性税务处理向税务机关进行备案？

在我们前面提到的案例中，最大争议在于A公司吸收合并B公司未作备案，能否适用特殊性税务处理。

财税〔2009〕59号文规定：“企业发生符合本通知规定的特殊性重组条件并选择特殊性税务处理的，当事各方应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合各类特殊性重组规定的条件。企业未按规定书面备案的，一律不得按特殊重组业务进行税务处理。”

这个条款其实比较矛盾，备案本身不需要税务机关许可或者审查，而且企业是可以在企业所得税年度申报的时候再提交备案的，但另一方面又说，企业没有备案的就不能适用特殊性税务处理。而且，按照法律规定，税务机关仅仅对企业的备案进行形式审查，但是实践中会存在税务机关进行实质审查，并且拒绝接受企业备案资料的情形。

对于这种问题，我们一般建议企业在年中进行合并交易并选择适用特殊性税务处理前，先和税务机关进行沟通，获得其认可后再适用特殊性税务处理，并在次年进行年度企业所得税汇算清缴的时候将提交书面备案资料。在必要时候，也可以通过专业中介机构帮忙与税务机关沟通，通过专业知识及交易背景、交易实质的沟通，促成税务机关对企业适用特殊性税务处理的认可。